강원도 영월군 북면 문곡리 남교 하천변의 절벽에 분포하는 소위 “문곡리 스트로마톨라이트”는 2000년 3월 천연기념물 제413호(영월 문곡리 건열구조 및 스트로마톨라이트)로 지정되었으나 외부 및 내부 형태가 일반적인 스트로마톨라이트와는 상이하여 스트로마톨라이트의 진위에 대한 논란이 일고 있다. 문곡리 스트로마톨라이트는 반구형 스트로마톨라이트가 연속되어 나열된 LLH 형태의 스트로마톨라이트(laterally-linked hemispheroid)와 일면 유사하나, 돔 구조의 연속성이 하부까지 관찰되지 않고 스트로마톨라이트의 핵심 구성 요소인 미세엽층리(fine lamination) 구조가 야외 및 박편상에서도 관찰되지 않기 때문에 스트로마톨라이트로 볼 수 없다. 또한 문곡리 스트로마톨라이트의 매끈한 표면 구조와 돔 사이의 불규칙하게 갈라진 틈(crack) 구조도 일반적인 스트로마톨라이트와는 차이가 많다. 이러한 차이점은 문곡리 스트로마톨라이트가 알려진 것과 달리 스트로마톨라이트가 아닌 다른 형태의 퇴적구조임을 시사하며, 관찰된 특징들로 미루어 머드마운드(mud mound)로 해석된다. 따라서 기존의 스트로마톨라이트라는 명칭에 대한 재검토가 요구된다.